宝鸡市陆港新城开发建设事务中心内设党政办公室、计划财务部、规划发展部、建设管理部、招商服务部、综合事务部、园区协调部、纪检监察部八个正科级内设机构，各设科级领导职数2名（1正1副）。内设机构具体职责为：

1.党政办公室：负责党政事务处理、组织人事管理、干部教育工作，机关财务、督办、机要、宣传、保密、综合、档案管理、信息安全、会议组织、工会、妇女等工作；负责后勤保障和机关内部协调；负责调研、接待管理工作；负责考核的组织工作；负责机关党建工作。

2.计划财务部：负责组织编制陆港新城的年度和中长期投资计划；负责中心项目资金管理及项目招投标、预算、决算、审核工作；负责建设资金协调及投、融资工作，负责项目出让土地的结算、收缴工作；负责中省资金及项目争取工作。

3.规划发展部:负责制定、实施陆港新城中长期发展规划和年度计划，监督统计年度、月度经济发展指标；负责规划管理、土地审批及管理、征地拆迁；负责重点项目管理及固定资产投资；负责经营陆港新城所有土地；负责市场主体的组建与管理；负责阳平铁路物流园区建设协调工作。

4.建设管理部:负责项目建设的监督管理工作；负责协助相关行政执法及管理部门指导企业强化日常管理工作。负责城市建设、区域内基础设施配套的协调和基础设施项目的规划和实施；负责项目实施过程中与涉及镇街、村、组的关系协调工作。

5.招商服务部:负责组织实施陆港新城招商政策拟定、招商宣传、项目包装策划、项目推介、招商洽谈、协议拟定、政策落实等工作；负责招商投资活动的筹备、组织；负责投资主体衔接工作。

6.综合事务部:负责项目前置手续的办理，企业许可证照办理服务工作；协调企业及职工教育、医疗、社会保障等社会事务工作。

7.园区协调部:负责周原、县功两个镇域工业园区的协调管理及考核。

8.纪检监察部:负责纪检监察和审计工作，落实党风廉政监督责任，协助党工委加强党风廉政建设和反腐败工作；负责非公党建工作。